Üniversite idari teşkilatının başı olarak, Batman Üniversitesi misyonuna uygun, mevzuatla kendisine verilen görevleri şeffaf ve adil bir yönetim anlayışı ile etik değerleri dikkate alarak, sosyal sorumluluk bilinci ile ülke sorunlarına duyarlı, farklılıklara saygı gösteren, kamu yararını gözeterek idari birimlerin düzenli ve uyum içerisinde çalışabilmesi için gerekli idari düzenlemeleri yaparak, etkili ve verimli bir yönetimin oluşmasını sağlamak.

Vizyon
Batman Üniversitesinin vizyonuna uygun, mevzuatın öngördüğü ilke ve esaslar doğrultusunda kendisine bağlı birimlerce hızlı ve verimli hizmetin üretildiği uyum, iletişim ve iş birliğinin tam olarak sağlandığı tarafsızlık, şeffaflık, güvenilirlik, yenilikçilik, üretkenlik, çağdaşlık ve paylaşımcılık gibi temel değerler çerçevesinde, tüm çalışanlara karşı adil, güvenilir, saygın ve güçlü yönetim anlayışının olduğu bir birim olmaktır.


Batman Üniversitesi Genel Sekreterliğin misyon ve vizyonu aşağıda belirtilen değerler tarafından desteklenmektedir:  
Temel Değerler:
• Tarafsızlık
• Şeffaflık
• Güvenilirlik
• Yenilikçilik
• Üretkenlik
• Çağdaşlık
​• Paylaşımcılık